Towards predictive spatiotemporal modeling of single cells
主讲人：邱肖杰
时间：8月22日 15:00（星期二）
地点：E228
主持人：彭广敦 研究员
主讲人简介：
邱肖杰博士是斯坦福大学遗传学系、BASE项目和计算机科学系即将到任的助理教授。邱肖杰2013-2018年在华盛顿大学与Cole Trapnell博士实验室做博士期间，在单细胞基因组学领域做出了重要贡献，其中最典型的是开发了能够准确且稳健地从scRNA-seq数据中重建复杂发育轨迹的Monocle 2和Monocle 3。2018年至今在Jonathan Weissman博士实验室做博士后，期间开发了Dynamo（aristoteleo/dynamo-release），利用代谢标记使单细胞RNA-seq能够推断绝对RNA速度，重构连续的向量场以预测单个细胞的命运，利用微分几何提取潜在的基因调控网络调控机制，并最终预测最优重编程路径，实现精确的Perturb-seq中扰动预测。最近，他还开发了一个强大的工具包Spateo（aristoteleo/spateo-release），用于高级多维时空建模，实现了单细胞分辨率的空间转录组学。Spateo提供了一种新方法来处理细胞间的互作，以揭示生态因子和细胞类型特异性配体-受体相互作用的空间效应。此外，Spateo重构了整个胚胎的3D模型，并进行了3D形态计量分析，Spateo引入了细胞迁移的“形态向量场”概念，整合了空间微分几何，以揭示果蝇各种器官发生模式背后的调控程序。
